Après avoir abandonné deux projets d'opéras (Salammbô en 1864 et Le Mariage en 1868), Modeste Moussorgski se lance dans la rédaction d'un nouveau livret d'opéra d'après la pièce Boris Godounov de Pouchkine, sous les conseils de Vladimir Nikolski et avec l'aide de Ludmila Chestakova (la sœur du compositeur Glinka). Moussorgski écrit la première version de son opéra en sept scènes et quatre actes entre octobre 1868 et décembre 1869. Toutefois, l'opéra fut présenté aux autorités impériales en 1870 et rejeté par la censure en février 1871 pour plusieurs raisons : tout d'abord, un arrêt interdisait la représentation des tsars russes sur les scènes lyriques (arrêt par la suite amendé en 1872). Mais la cause principale du refus venait surtout de l'absence de rôle féminin principal, d'une intrigue amoureuse et d'un ballet dans l'opéra.

Une seconde version en un prologue et quatre actes vit le jour entre février 1871 et juin 1872, dans laquelle le compositeur réécrivit son livret à la lumière de L'Histoire de l'État russe de Nikolaï Karamzine et d'autres travaux historiques. Six des sept scènes initiales furent conservées mais remaniées, tandis que trois nouvelles scènes furent rajoutées (deux au palais de Sandomir à l'acte III et une à l'acte IV). Une nouvelle fois, Moussorgski essuya un refus des autorités en octobre 1872. Mais l'opéra fut finalement accepté grâce à l'insistance de Guennadi Kondratiev (chanteur et metteur en scène au Théâtre Mariinsky de Saint-Pétersbourg) et Julia Platonova, qui allait créer le rôle de Marina. Enfin, c'est sous la forme d'une version voix/piano que la première publication de l'opéra, basée sur la seconde version de 1872, vit le jour en 1874. Parallèlement aux remaniements de Boris, Moussorgski se consacre à la composition du cycle de mélodies Les Enfantines (1868-1872) ainsi qu'à un autre opéra qui restera inachevé, La Khovanchtchina (1872-1880).

La scène du couronnement fut le premier extrait interprété en public en février 1872 à la Société musicale russe, très vite suivie de la Polonaise de l'acte III (sans chœur) en avril 1872 à l'école de musique fondée par Mikhaïl Balakirev. Trois scènes furent présentées au Théâtre Mariinsky le 5 février 1873, permettant à Moussorgski de présenter d'importants rajouts pour les rôles de l'aubergiste, et surtout Marina Mniszek. La création complète de l'œuvre (deuxième version) fut programmée le 8 février 1874 dans le même lieu, remportant un franc succès auprès du public. Moussorgski réutilisa par la suite les thèmes de Boris Godounov dans une marche funèbre composée à la mémoire de Dostoïevski, disparu deux mois avant le compositeur. A partir de 1896, c'est toutefois une version ré-orchestrée par Rimski-Korsakov (la seconde, de 1908) qui est interprétée, ce dernier réhabilitant l'oeuvre de Moussorgski tombée dans l"oubli à la mort du compositeur. Les versions de Moussorgski sont de nouveau privilégiées à partir du milieu des années 1970. Boris Godounov a fait l'objet de nombreuses autres versions au XXe siècle, dont une réorchestration de Chostakovitch (1939-1940) qui servit au Théâtre Mariinsky dans les années 1960, et une version commandée par le Metropolitan Opera de New-York à Karol Rathaus utilisée dès 1952.