Lorsque Massenet commence à composer un opéra d'après le roman épistolaire Les souffrances du jeune Werther (1774) de Goethe, sa carrière dans le domaine de l'opéra est déjà établie grâce à Hérodiade (1881), Manon (1884) et Le Cid (1885). Les premières esquisses de Werther remontent à 1880, mais Massenet ne se consacrera réellement à cet opéra qu'entre 1885 et 1886, c'est-à-dire juste après avoir créé Le Cid. Une fois l'orchestration achevée en 1887, il faudra attendre cinq années pour que Massenet puisse créer son ouvrage lyrique, qui n'émanait d'aucune commande : le directeur de l'Opéra-Comique de Paris, Léon Carvalho, jugea l'opéra trop sérieux pour son théâtre. Plusieurs événements peuvent expliquer pourquoi Massenet se détourna de Werther pendant cinq ans : l'incendie de la salle Favart en juillet 1887, l'interruption des spectacles qui s'en suivit et le remaniement de la direction de l'Opéra-Comique. Outre les difficultés rencontrées pour faire exécuter son Werther, Massenet se consacre surtout à la composition de nouveaux ouvrages – les opéras Esclarmonde (1889) et Le Mage (1891), ainsi que le poème symphonique Visions (1891) et les premières esquisses de l'opéra Amadis – en parallèle des cours qu'il dispense au Conservatoire de Paris.

Après le triomphe de Manon à Vienne en 1890, Massenet reçoit une nouvelle commande de du Théâtre impérial Hofoper de Vienne à l'automne 1891 et propose alors Werther, ce qui explique pourquoi la création de cet opéra fut programmée dans la capitale austro-hongroise le 16 février 1892 dans une version allemande. L'ouvrage reçoit un accueil chaleureux du public viennois. La première représentation de Werther en français fut exécutée le 27 décembre 1892 à Genève. Quant à la première représentation en France, elle fut programmée par Léon Carvalho, revenu depuis peu à la tête de l'Opéra-Comique et voulant « rapatrier ce Werther ». Le succès rencontré dans un premier temps à l'étranger ne fut pas démenti lors de la création parisienne le 16 janvier 1893 et se confirmera dans les grandes maisons d'opéra internationales de New-York, Chicago et Londres en 1894, puis Milan et Naples en 1895. Considéré comme l’un des principaux chefs-d'œuvre de Massenet avec Manon, Thaïs (1894) et Cendrillon (1899), Werther a été joué plus de 1 500 fois rien qu'à Paris depuis sa création.