Acte I

Dans les années 1780, le Bailli (autorité morale, représentant le Prince) de la ville de Wetzlar, en Allemagne, apprend à ses enfants, en plein mois de juillet, un chant de Noël (« Noël ! Noël ! Noël ! »). Il est veuf et père de neuf enfants, dont les plus âgées, Charlotte et Sophie s'occupent des plus jeunes. Deux amis, Schmidt et Johann, arrivent et discutent joyeusement avec le Bailli. Sophie paraît et explique que Charlotte se prépare pour le bal, auquel elle se rend en compagnie du jeune Werther. Les trois hommes discutent du jeune homme, a qui le Prince a promis une ambassade. Ils évoquent aussi Albert, le fiancé de Charlotte, parti pour un voyage depuis six mois et dont le Bailli est sans nouvelle. Les deux amis s'en vont avec la promesse que le Bailli les rejoindra pour le dîner.

Alors que tout le monde rentre dans la maison, paraît Werther, qui vient chercher Charlotte. Il reste un instant à contempler le jardin, où il se plait (« c'est bien ici la maison du Bailli ?»). Entendant les enfants qui chantent Noël dans la maison, il les écoute avec tendresse. Il est accueilli par le Bailli, puis par Charlotte qui l'appelle « Cousin », ce qui lui fait plaisir. Les deux jeunes gens partent ensemble.

Alors que le Bailli part rejoindre ses amis, laissant Sophie s'occuper des enfants, Albert paraît, sans être attendu. Il s'égaye à entendre Sophie parler de son futur mariage avec Charlotte. Resté seul, il se réjouit d'être encore aimé.

Plus tard dans la nuit, Charlotte et Werther reviennent du bal en discutant tendrement. Werther déclare sa flamme à la jeune femme, qui lui réplique qu'il ne sait rien d'elle. Elle lui parle alors de sa mère. Tout d'un coup, la voix du Bailli retentit, pour annoncer le retour d'Albert. A ce nom, Charlotte tressaille : elle avait oublié auprès de Werther un serment fait à sa mère d'épouser Albert. Désolé, Werther lui conseille de rester fidèle à sa promesse, mais lui en indique le prix : lui en mourra.

Acte II

Un dimanche de septembre, Johann et Schmidt chantent un hymne à Bacchus en buvant à la santé du pasteur, qui fête ses cinquante ans de mariage. Albert et Charlotte discutent : cela fait trois mois qu'ils sont mariés. Ils échangent quelques douces paroles, heureux de leur vie commune. De loin, Werther les observe, désespéré de ne pas être le mari de Charlotte, au point d'en blasphémer (« Un autre est son époux ! »). Albert s'approche de lui, et lui confie qu'il sait que Werther a aimé Charlotte lorsqu'il la croyait libre, et qu'il éprouve parfois de la tristesse à se savoir responsable de ses tourments. Mais Werther lui répond qu'il n'éprouve plus à cette heure que de l'amitié pour Charlotte. Sophie s'approche dans une grande gaité, et invite tout le monde à aller danser (« Tout le monde est joyeux ! »). Alors qu'elle continue son chemin, Albert suggère à Werther que Sophie pourrait le rendre heureux, puis il s'éloigne.

Werther va alors rejoindre Charlotte pour lui rappeler la soirée passée ensemble, trois mois plus tôt. Charlotte lui rappelle alors ses devoirs de femme mariée. Elle lui demande de partir et de ne revenir qu'à Noël, puis s'en va. Resté seul, Werther prend la résolution de partir et pense à finir ses jours. Sophie vient alors le retrouver, toujours très gaie, pour l'emmener danser. Mais Werther lui dit adieu pour toujours et part en courant. Sophie déchante aussitôt, et raconte l'épisode à Charlotte et Albert qui accourent. Charlotte ressent une grande peine à le savoir parti sans retour. Albert comprend que Werther lui a menti et qu'il aime Charlotte intensément. Derrière, la fête bat son plein.

Acte III

Le jour de Noël, Charlotte se lamente, chez elle, de l'absence de Werther, qu'elle a elle-même demandée. Elle relit ses lettres, dans lesquelles il dit son désespoir et prédit les larmes de Charlotte (« Je vous écris de ma petite chambre »). Sophie entre et cherche à la convaincre de venir fêter Noël avec elle et les enfants. Voyant ses larmes, elle tente de l'égayer. Lorsqu'elle quitte les lieux, Charlotte sent son courage l'abandonner et prie pour ne pas céder à la tentation.

Surgit alors Werther, qui finalement est revenu à l'heure dite. Après quelques paroles amères, il se remémore les moments passés dans cette maison. Il voit les pistolets d'Albert et se souvient avoir déjà voulu les employer pour mettre fin à ses jours. Puis il retrouve les poèmes d'Ossian (poèmes gaéliques ayant fait grand bruit au XVIIIème siècle), qu'il avait entrepris de traduire, aux côtés de Charlotte (« Ah ! bien souvent mon rêve s'envola »). Werther perçoit alors, dans les larmes de Charlotte, son amour pour lui. Pris d'une folle pulsion, il réclame alors un baiser et prend Charlotte dans ses bras. Celle-ci s'enfuit, ne voulant plus le revoir. Werther, désespéré, quitte les lieux.

Albert revient, étonné de trouver la porte ouverte. Il questionne Charlotte qui est en proie à un grand trouble. Celle-ci est terrifiée à la vue de son mari qui lui parle froidement, soupçonneux. Un message de Werther leur est transmis, dans lequel il dit partir pour un lointain voyage, et leur demandant de lui prêter leurs pistolets. Albert ordonne à Charlotte de les porter. Charlotte s'exécute. Puis, revenant, elle est prise d'un sombre pressentiment, et s'enfuit.

Acte IV

Werther est dans son cabinet de travail, mortellement frappé. Charlotte entre et, affolée, le trouve étendu par terre. Toujours en vie, Werther lui demande pardon. Alors que Charlotte voudrait appeler au secours, il la garde près de lui, heureux de mourir près d'elle. Charlotte lui avoue alors pour la première fois ses sentiments, et lui donne le baisé réclamé plus tôt. Au loin, les enfants chantent Noël. Werther, qui sait son geste condamné par la religion, demande à reposer au milieu de la nature, où Charlotte pourra venir le visiter. Puis il expire. Au loin, les rires accompagnent les chants de Noël.