Le chef d’orchestre, hautboïste et musicologue Jean-Claude Malgoire naît le 25 novembre 1940 à Avignon. Il étudie la musique au conservatoire de la ville puis intègre celui de Paris où il reçoit un premier prix de hautbois et de musique de chambre. Il débute alors sa carrière en tant qu’hautboïste dans différents orchestres symphoniques tels que l’Orchestre de la RATP, l’Orchestre de la société des concerts du Conservatoire et l’Orchestre de Paris.

En 1966, tout en continuant sa carrière de musicien, le futur chef d'orchestre fonde la Grande Ecurie et la Chambre du Roy, l’un des premiers ensembles de musique spécialisés dans la musique baroque sur instruments d’époque. En 1970, le hautboïste joue la Sequentia VII de Berio et devient soliste de l’Ensemble 2e2m, mais il abandonne finalement son activité de musicien pour se consacrer à la direction de son ensemble. Il le dirige notamment pour deux Rameau : Les Indes galantes en 1974 au Festival Bach de Londres et Hippolyte et Aricie en 1978 à Covent Garden. En 1981 est créé l’Atelier Lyrique de Tourcoing dont le français prend la direction. Basé sur un répertoire élargi du Moyen Âge au contemporain et sur des formes souvent inhabituelles, l’Atelier travaille en étroite collaboration avec la Grande Ecurie et la Chambre du Roy. A l’occasion du Festival d’Aix-en-Provence de 1986, Malgoire et son ensemble sont acclamés pour leur performance de Tancrède de Campra.

En 1992, le talent du chef d’orchestre est récompensé puisqu’il reçoit une Victoire de la musique pour Montezuma de Vivaldi. Dans une volonté de déterrer des manuscrits baroques oubliés, Malgoire redécouvre en 2001 l’acte I de la Catone in Utica de Vivaldi et en crée une nouvelle version jouée à Tourcoing. Dans cette même dynamique de recherche et de redécouverte, il dirige également Falstaff de Salieri en 2002. En 2004, il dirige aussi bien L’Orphée de Monteverdi à Tourcoing que L’Opéra de quat’sous de Weill au Théâtre de la Colline. En 2005, il prend la direction de Rinaldo de Haendel au Théâtre des Champs-Elysées. En 2008, il est à la tête d’un nouveau projet original et étonnant puisqu’il s’agit de représenter Mare Nostrum de Kagel à la piscine de Roubaix.

En 2010, il revient au TCE pour la Trilogie de Mozart et da Ponte (Les Noces de Figaro, Don Giovanni, Cosi fan tutte). Toujours à la tête de l’Atelier lyrique de Tourcoing, Jean-Claude Malgoire dirige L’Echelle de soie et Le Barbier de Séville de Rossini en 2011 et 2012, Didon et Enée de Purcell en 2012 également, mais aussi Platée de Rameau à Versailles et au Festival de Sablé-sur-Sarthe en 2013. En 2016, Jean-Claude Malgoire dirige Tannhäuser de Wagner et Le Combat de Tancrède et Clorinde de Monteverdi à l’Atelier lyrique. Il conduit également L’Italienne à Alger de Rossini au TCE. Il décède le 14 avril 2018 à l'âge de 77 ans. François-Xavier Roth est nommé en 2019 pour lui succéder à la tête de l'Atelier lyrique de Tourcoing.