Avant même le triomphe des Huguenots (composés à partir de 1832 et créés en 1836), Meyerbeer songe à un opéra d'après l'Essai sur les mœurs et l'esprit des nations (1756) de Voltaire, sur la figure de Jean de Leyde, tyran religieux du XVIe siècle à Munster, autoproclamé "Roi de Sion". Le compositeur y travaille avec son librettiste habituel, Eugène Scribe. D'une dimension colossale, le travail prend du temps. Meyerbeer et Scribe apportent de nombreuses modifications. Le compositeur explore des sources d'inspiration nouvelles (notamment les oratorios Joshua et Jephtha de Haendel). De nombreux éléments retardent également le projet, notamment la direction compliquée de l'Opéra de Paris par Léon Pillet (Meyerbeer ne souhaite d'ailleurs pas que le directeur impose une fois encore sa compagne la chanteuse Rosine Stoltz : il veut Pauline Viardot) et le poste que Meyerbeer obtient en 1842 (Directeur général de la musique de Prusse). Après un changement de direction à Paris ainsi que de nombreuses séances de travail et retouches, Le Prophète est créé le 16 avril 1849.

Après le triomphe des Huguenots, Le Prophète est un succès encore plus éclatant, l'acmé dans la carrière de Meyerbeer, qui reçoit honneur et richesse. Créée en français, puis en anglais et en allemand quelques mois plus tard, l'œuvre fait le tour du monde. Sommet, Le Prophète marque de fait le déclin d'un genre. Tout-puissant, le Grand Opéra va lasser par son omniprésence grandiose. En France, le renouveau sera apporté par Debussy avec Pelléas et Mélisande en 1902, son aspect intimiste, empli de symboles épurés, revenant à la continuité et au naturel de la parole : tout l'inverse du Grand Opéra. L'autre alternative sera l'opéra Wagnérien, un compositeur qui s'était violemment attaqué à Meyerbeer et à son esthétique parce qu'il "soumettait le texte à la musique", sacrifiant le drame.

Si le genre du Grand Opéra périclite, Le Prophète aura eu une grande influence sur des compositeurs lyriques majeurs. Présent dans le public, Verdi est impressionné par le spectacle, il composera lui aussi des Grands Opéras et travaillera avec le même librettiste, Eugène Scribe (pour Les Vêpres siciliennes, 1855). L'italien modèlera également ses mezzo-sopranos Azucena (Le Trouvère), Eboli (Don Carlos) ou Amneris (Aïda) sur la Fidès du Prophète.