Après le succès rencontré par Les Noces de Figaro, l'Empereur Joseph II, protecteur de Mozart, lui commande un opéra buffa. Il fixe le thème inspiré d'un évènement réel qui avait amusé tout Vienne : deux officiers à Trieste avaient échangé leurs femmes. Livret et partition sont écrits en un mois, en décembre 1789. Une répétition de l'opéra a lieu chez Mozart lors du réveillon de l'année 1790 et au théâtre de Vienne le 21 janvier suivant (probablement avec Haydn dans le public).

La création de l'opéra le 26 janvier 1790 au Burgtheater de Vienne est un grand succès. Hélas la mort de Joseph II le 20 février entraîne la fermeture des théâtres pour deuil. À la réouverture des salles en avril, Cosi fan tutte n'aura que quatre représentations supplémentaires.

Mozart avait un train de vie élevé et les maigres émoluments qu'il recevait pour ses leçons étaient loin de lui suffire. À l'inverse, il perçoit la somme rondelette de 450 gulden pour la composition de ses opéras L'Enlèvement au Sérail (1782), Les Noces de Figaro (1786), La Clémence de Titus (1791) ainsi que Cosi fan tutte(1790). Cela représente presque un tiers du prix de son bel appartement viennois.

Après Les Noces de Figaro (1786) et Don Giovanni (1787), Cosi fan tutte qui date de 1790 est la troisième collaboration entre Mozart et le poète impérial successeur du grand Métastase : Lorenzo da Ponte, son librettiste (auteur des textes d'opéras). La qualité de ces trois opéras entrés au panthéon de l'art lyrique repose sur l'association magistrale d'un génie musical et d'un maître du théâtre sachant alterner le bouffon au dramatique dans une grande économie de moyens. La collaboration da Ponte-Mozart reste parmi les sommets de l'histoire, aux côté des duos Lully et Quinault, Meyerbeer et Scribe, Francesco Maria Piave et Verdi, Richard Strauss et Hofmannsthal, Illica avec Giacosa pour Puccini, Henri Meilhac avec Ludovic Halévy pour Offenbach, etc.

Alors que Mozart et da Ponte choisissent des sujets littéraires existants pour leurs deux premières collaborations (Le Mariage de Figaro par Beaumarchais et le Don Juan par Tirso de Molina), l'inspiration originale de Cosi fan tutte est presque mythique : il s'agirait d'un incident ayant réellement eu lieu et soufflé à da Ponte par l'empereur Joseph II lui-même. Toutefois, le librettiste propose d'abord ce sujet au compositeur Salieri (qui a depuis été dépeint en ennemi juré de Mozart) mais qui a abandonné rapidement le projet.