Acte I

Daland et son équipage luttent contre les éléments pour rejoindre le port de Sandwike, bien que ce ne soit pas leur destination d’origine. Une fois à l’abri, Daland demande à son Pilote de faire le guet pendant que le reste de ses hommes prendront du repos (« Hojohe ! Hallojo ! »). Mais rapidement, le sommeil gagne le Pilote, qui chante pour se tenir éveillé (« Mit Gewitter und Sturm aus fernem Meer »). Il finit tout de même par s’endormir.

Pendant ce temps, le Vaisseau fantôme du Hollandais volant accoste. Condamné à errer pour l’éternité sur l’océan avec son équipage, il attend désespéré la délivrance de la mort (« Die Frist ist um »). A son réveil, Daland aperçoit le Hollandais : ce dernier lui propose son trésor faramineux en échange de la main de sa fille. Daland accepte (« He ! Holla ! Steuermann ! »). Tandis que Daland se réjouit de sa fortune nouvelle, le Hollandais espère que cette fiancée sera son ange rédempteur (« Wird sie mein Engel sein ? »). Soudain, le Pilote annonce que les conditions permettent de lever l’ancre pour rejoindre enfin leur foyer : le Hollandais promet de les suivre de peu (« Ho ! Ho ! Hallohe ! »).

Acte II

Marie, entourée de ses comparses, file la laine en chantant, tandis que Senta, la fille de Daland, reste absorbée par un portrait du Hollandais, dont la légende la fascine (« Summ und brumm, du gutes Rädchen »). Elle entonne d’ailleurs une ballade narrant son histoire : damné après avoir blasphémé durant une tempête, il est condamné à errer éternellement sur les mers et n’obtiendra la délivrance que s’il trouve une femme l’aimant avec constance jusqu’à la mort. Il accoste tous les sept ans pour tenter de trouver son ange, mais nulle femme ne lui a jusque-là été fidèle. Senta promet d’être cet ange (« Johohoe !  Johohohoe ! Hohohoe ! Johoe ! »). Surgit alors Erik, son prétendant, qui annonce le retour de Daland : les femmes se précipitent pour accueillir le navire (« Senta ! Willst du mich verderben ? »). Seul avec Senta, il lui dévoile son espoir de l’épouser (« Bleib, Senta ! Bleib nur einen Augenblick ! »). Il lui narre alors un rêve dans lequel il l’a vue suivre le Hollandais sur les flots et mourir avec lui : Senta se réjouit de cette prédiction (« Auf hohem Felsen lag ich träumend »).

Daland paraît et présente le Hollandais à sa fille (« Mein Kind, du siehst mich »). Laissé seul, Senta et le Hollandais se reconnaissent, déjà liés jusqu’à la mort (« Wie aus der Ferne längst vergangner Zeiten »).  Malgré les avertissements du Hollandais sur les conséquences de son choix, Senta lui jure fidélité jusqu’à la mort (« Wirst du des Vaters Wahl nicht schelten ? »). Elle confirme ce vœu peu après à son père (« Verzeiht ! Mein Volk hält draussen sich nicht mehr »).

Acte III

Au port, la fête s’organise pour fêter le retour des marins, mais tous s’étonnent que l’équipage du Vaisseau fantôme ne les rejoigne pas. Malgré la crainte qui s’instille à leur propos, tous poursuivent les festivités (« Steuermann ! Lass die Wacht ! »). Soudain, alors que la mer reste calme par ailleurs, elle s’agite autour du Vaisseau fantôme : son équipage s’active, appelant le Hollandais a quitter le port, leur escale septennale devant prendre fin (« Johohoe ! Johohohoe !... Nach dem Land treibt der Sturm »).

Erik tente désespérément de rappeler ses serments passés à Senta (« Was musst' ich hören ! »). Le Hollandais surgit alors, annonçant son départ soudain : d’une damnation éternelle, sort des femmes infidèles, il veut la protéger en partant avant leur mariage devant Dieu. Senta s’y refuse et lui renouvelle son serment, malgré les suppliques d’Erik (« Verloren ! Ach ! Verloren ! Ewig verlornes Heil ! »). Tandis que le village accourt, le Hollandais bondit jusqu’à son navire et lève l’ancre. Senta parvient à se dégager des bras de son père et se jette dans la mer. Le Vaisseau fantôme s’abîme alors dans les flots, dont s’élèvent Senta et le Hollandais, enlacés et transfigurés (« Was erblick ich ! »).