L’Opéra Baroque français renaissait de ses cendres à cette occasion dans toute sa plénitude et son intégrité, sans pour autant verser dans la reconstitution historique voire même archéologique. Épris du XVIIe siècle, Jean-Marie Villégier possédait une érudition sans limite sur le sujet que les années ne venaient pas émousser. Après des études à l’Ecole normale supérieure, agrégé de philosophie, il rejoint le Centre de dramaturgie de l’Opéra de Paris créé en 1973 à l’initiative de Rolf Liebermann nouvel administrateur de la maison lyrique capitale. Jusqu’en 1980, il multiplie ses activités dans ce cadre.

Comme metteur en scène, c’est au théâtre en premier lieu qu’il fait ses preuves. Jean-Pierre Vincent nommé administrateur de la Comédie Française en 1983 lui confie les mises en scènes de Cinna de Corneille, auteur classique auquel Jean-Marie Villégier voue une profonde admiration, puis La Mort de Sénèque de Tristan L'Hermite, spectacle qui reçoit les faveurs tant du public que de la critique. Un décor unique cerne ces deux ouvrages.

Le monde de l’opéra l’appelle alors. Il met en scène La Cenerentola de Rossini au Théâtre de La Monnaie de Bruxelles en 1983, ouvrage placé sous la baguette de Sylvain Cambreling, avant Le Couronnement de Poppée de Monteverdi à Metz et Nancy sous la baguette avisée de Gustav Leonhardt. Jean-Marie Villégier crée sa propre compagnie l’Illustre Théâtre en hommage à Molière.

Massimo Bogianckino qui a succédé à Rolf Liebermann comme administrateur de l’Opéra de Paris (après la démission de Bernard Lefort) souhaite rendre hommage à Lully, natif de Florence (dont Massimo Bogianckino fut maire), à l’occasion du tricentenaire de la disparition du compositeur. Atys confié aux bons soins de Jean-Marie Villégier et William Christie, en lien notamment avec le Théâtre Communal de Florence, l’Opéra de Montpellier et le théâtre de Caen, est donc la résultante de cette volonté. Cette production magnifiée, ponctuée des danses baroques réglées par la grande spécialiste du genre Francine Lancelot, sera présentée à New York avant de revenir en 2011 Salle Favart sur la volonté d’un riche mécène.

La collaboration avec William Christie et Les Arts Florissants se poursuivra ensuite avec Le Malade Imaginaire de Molière dans sa version originale au Théâtre du Châtelet, Hippolyte et Aricie de Rameau au Palais Garnier en 1996 avec Lorraine Hunt (Phèdre) et Annick Massis (Aricie), ou Glyndebourne pour Rodelinda de Haendel en 1998 avec l’Orchestre du Siècle des Lumières (Orchestra of the Age of Enlightenment) cette fois ci. Jean-Marie Villégier met en scène par ailleurs Béatrice et Bénédict de Berlioz à Lausanne, Bordeaux et à l’Opéra National du Rhin, Jephtha de Haendel, Médée de Marc-Antoine Charpentier à l’Opéra de Rhin puis Salle Favart, avant de renouer avec la Comédie Française pour L'Amour médecin et Le Sicilien ou l'Amour peintre de Molière en 2005/2006 (toujours avec William Christie).

La reprise d’Atys en 2011 marquera ses adieux au monde de l’Opéra.