Acte I

Dans un bois sacré au bord de la mer, la tempête fait rage. Iphigénie, la fille d'Agamemnon, et les prêtresses du temple de Diane implorent les dieux de les secourir. Le calme reparaît alors (« Grands Dieux ! Soyez-nous secourables »). Iphigénie regrette que la tempête ne se soit pas calmée dans son cœur. Elle se remémore un rêve dans lequel elle revoit son père assassiné par sa mère, Clytemnèstre. Celle-ci l'arme d'un glaive. Une force irrépressible la pousse alors à tuer son frère, Oreste. Ayant perdu l'espoir de voir revenir son frère, Iphigénie attend la mort (« O toi qui prolongeas mes jours »).

Le Roi des Scythes (un peuple nomade), Thoas, paraît alors et demande à Iphigénie d'apaiser les dieux. En effet, un oracle a prédit sa mort, assassiné par un étranger. L'imminence de la mort le terrorise (« De noirs pressentiments, mon âme intimidée »). Le peuple joyeux annonce alors la capture de deux hommes échoués qui seront offerts en offrande aux dieux (« Les dieux apaisent leur courroux »). Les prisonniers sont amenés. Il s'agit d'Oreste, le frère d'Iphigénie, et de son cousin Pylade. Thoas les interroge, mais ceux-ci refusent de répondre aux questions. Ils sont condamnés à mort par les Scythes qui se réjouissent des offrandes que les dieux vont bientôt recevoir (« Il nous fallait du sang pour expier nos crimes »).

Acte II

Oreste et Pylade sont emprisonnés dans le temple, près de l'autel où le sacrifice doit avoir lieu. Oreste se plaint du sort que lui ont réservé les dieux : après avoir tué sa mère pour venger son père, voici qu'il a conduit Pylade, son seul ami, à la mort (« Dieux ! qui me poursuivez »). Celui-ci le rassure et lui témoigne son amitié, pour laquelle il est prêt à le suivre au tombeau (« Unis dès la plus tendre enfance »). Les deux hommes sont séparés à leur grand désespoir. Oreste, resté seul, est accablé. Sa raison s'égare et un calme inattendu succède à la rage (« Le calme rentre dans mon cœur »). Il finit par s'endormir. Il est alors entouré d'Euménides (divinités persécutrices) qui lui rappellent à de multiples reprises son crime matricide (« Vengeons et la nature et les Dieux en courroux »). Alors qu'Iphigénie entre, Oreste la prend pour le spectre de leur mère.

Alors qu'aucun d'eux ne connait leur lien fraternel (ils ont été séparés enfants), celle-ci l'interroge et Oreste raconte le meurtre d'Agamemnon par Clytemnestre puis, sans révéler sa véritable identité, il raconte sa vengeance et invente sa mort. Iphigénie pleure la perte de sa famille, alors que les prêtresses se lamentent de leur espoir perdu en Oreste (« Malheureuse Iphigénie »). Iphigénie demande qu'un hommage soit rendu à son frère que tous chérissent (« Mon frère, daigne entendre »).

Acte III

Iphigénie est prise de pitié pour les deux étrangers, qu'elle devra elle-même sacrifier sur l'autel de Diane. Elle demande à rester seule avec eux et annonce qu'elle réussira à sauver l'un d'eux, mais que l'autre devra mourir pour tromper Thoas. Chacun des deux prisonniers se réjouit de pouvoir sauver la vie de son compagnon, mais Iphigénie choisit de sauver Oreste (« Ah ! Pour sauver vos jours je donnerais les miens »). Laissés seuls, les deux prisonniers se disputent le droit de sauver l'autre. Oreste n'accepte pas de laisser Pylade aller seul à la mort, quand la vie n'est pour lui qu'un supplice, depuis son matricide (« Et tu prétends encore que tu m'aimes »). Iphigénie revient et doit changer de victime, Oreste menaçant de répandre lui-même son sang s'il n'est pas écouté. Préparant la fuite de Pylade, Iphigénie lui demande, en échange de sa liberté, de porter un message à Electre, ce qui ne manque pas d'intriguer Pylade. Au moment de prendre la fuite, celui-ci décide de revenir sauver son cousin et ami (« Divinité des grandes âmes »).

Acte IV

Dans le temple, l'autel est prêt pour le sacrifice. Iphigénie redoute l'acte qu'elle s'apprête à accomplir (« Je t'implore et je tremble, ô déesse implacable »). Les prêtresses l'entourent alors pour le début de la cérémonie, implorant Diane (« Diane, sois-nous propice »). Oreste cherche à apaiser Iphigénie en lui disant souhaiter la mort. Les prêtresses entonnent un hymne tout en préparant Oreste au sacrifice (« Chaste fille de Latone »). Au moment où Iphigénie s'apprête à le frapper, Oreste rend hommage à sa sœur Iphigénie qu'il croit morte sacrifiée par Agamemnon comme il s'apprête à l'être. Sa véritable identité est alors reconnue de tous. Iphigénie lui explique qu'elle a été soustraite au sacrifice de son père par Diane qui en a fait sa Grande Prêtresse. Les retrouvailles sont interrompues par Thoas qui a été informé de la fuite de Pylade et qui vient presser le second sacrifice. Ses soldats reculant au nom du prisonnier, Thoas s'apprête à le frapper lui-même, mais il est tué par Pylade, revenu avec une armée (« De tes forfaits, la trame est découverte »).

Alors qu'un combat s'engage entre les grecs et les scythes, la déesse Diane apparaît. Devant les remords d'Oreste, elle lui accorde son pardon pour le meurtre de sa mère. Elle le renvoie avec Iphigénie à Mycènes, afin qu'il remonte sur le trône qui lui revient.

Lire ici l’argument de la Belle Hélène pour revenir (sur un ton parodique) aux origines de la guerre de Troie
Lire ici l’argument d’Iphigénie en Aulide de Gluck pour connaître le passé d’Iphigénie
Lire ici l'argument d'Elektra de Strauss pour connaître le destin de Clytemnestre et d'Agamemnon