Version créée à Milan en 1884

Acte I

Dans un monastère, des moines prient pour l’âme de l’Empereur Charles Quint (« Carlo il sommo imperatore »). Non loin, le petit-fils du monarque, Don Carlo, est au désespoir : monté sur le trône, son père Philippe II a épousé sa fiancée, Elisabeth (« Io l'ho perduta ! Oh potenza suprema ! »). Son ami, le Marquis Rodrigo de Posa, le rejoint, revenant d'un long voyage. Il l’implore d’agir en faveur du peuple flamand, qui vit dans le malheur, sous le joug espagnol. Carlo lui confie son amour pour la Reine. Les deux hommes se jurent une amitié fidèle (« Dio che nell'alma infondere »).

Près d’une fontaine, les femmes de compagnie de la Reine Elisabeth se délassent (« Sotto ai folti, immensi abeti »). Elles invitent la Princesse Eboli à chanter une chanson. Cette dernière entonne La chanson du voile, narrant les mésaventures d’un roi faisant la cour à une jeune femme voilée qui se révèle être sa propre femme (« Nei giardin, del bello Saracin »). La Reine Elisabeth paraît alors, suivie de peu par Rodrigo, qui lui donne discrètement une lettre de Don Carlo et demande une entrevue au nom de ce dernier. Tandis que la Reine craint de revoir son ancien amant, Eboli espère secrètement en être aimé (« La Regina ! Un'arcana Mestizia »). La Reine accepte finalement : Carlo paraît, et lui demande de soutenir auprès du Roi sa requête : ne supportant plus d’être à la cour, il souhaiterait être missionné en Flandre. Celle-ci acceptant de bonne grâce, Don Carlo lui reproche son indifférence, ce dont Elisabeth se défend, ses actions n’étant guidées que par le devoir et par l’honneur. Dans un élan passionné, Don Carlo embrasse Elisabeth qui le repousse (« Io vengo a domandar grazia alla mia Regina »).

Le Roi Philippe II entre alors. Trouvant sa femme seule avec Carlo, il condamne à l’exil la femme de compagnie d’Elisabeth pour avoir quitté son poste. La cour s’offusque de l’offense que fait ainsi le Roi à la Reine (« Il Re ! Perché qui sola è la Regina ? »). Le Roi demande alors à s’entretenir avec Rodrigo. Ce dernier tente de prendre la défense du peuple de Flandre. Philippe II refuse de l’entendre, mais il lui ouvre son cœur : rongé de jalousie, il craint qu’Elisabeth et Carlo n’entretiennent toujours une liaison et demande à Rodrigo de les surveiller, ce que ce dernier accepte (« Restate ! Presso della mia persona »).

Acte II

Dans les jardins du château, Don Carlo attend la visite d’Elisabeth après avoir reçu un mot lui donnant rendez-vous (« A mezzanotte Ai giardini della Regina »). Lorsqu’une femme voilée apparaît, il lui déclare sa flamme. Sous son voile, la Princesse Eboli, se croyant aimée, exulte. Mais lorsque Don Carlo l’aperçoit, son cœur se fige et Eboli comprend qu’elle n’est pas la femme qu’il attendait et que son cœur appartient à Elisabeth. Rodrigo apparaît alors et la supplie de ne rien révéler. Mais Eboli jure de venger son amour déçu et révèle à Carlo l’intimité que partage à présent Rodrigo avec Philippe II. Pourtant, dès Eboli partie, Carlo accepte de confier tous ses documents compromettants à Rodrigo (« Sei tu, bella adorata »).

Sur la place de la Cathédrale, le peuple rend hommage à son roi (« Spuntato ecco il dì d'esultanza »). Six envoyés flamands sont présentés par Don Carlo à Philippe II, qui refuse cependant de les entendre. Don Carlo demande à son père de l’envoyer en Flandre, mais le Roi refuse de lui donner le moindre pouvoir, craignant que son fils ne cherche à l’éloigner du trône. Don Carlo tire son épée et menace son père, sans que la garde ne s’y opposent. C’est finalement Rodrigo qui s’interpose et désarme son ami. Philippe II convie le peuple à la fête, tandis que Carlo est fait prisonnier (« O magion del Signore, t'apri ormai ! »).

Acte III

Dans son cabinet, le Roi Philippe II médite sur la trahison de son fils et l’infidélité de sa femme (« Ella giammai m'amò ! »). Il reçoit alors la visite du Grand Inquisiteur. Il lui confie ses doutes : prêt à condamner son fils à mort, il craint que cet acte contre nature ne lui vaille la colère divine. Le religieux le rassure sur ce point. A son tour, l’Inquisiteur lui demande la tête de Rodrigo, qu’il voit comme un ennemi de l’église. Le Roi s’y refuse, provoquant la colère de l’Inquisiteur (« Il Grande Inquisitor ! »).

A peine l’Inquisiteur parti, Elisabeth vient se plaindre au Roi du soupçon par lequel il la déshonore. Celui-ci lui apprend qu’un portrait de Carlo a été retrouvé dans son coffret à bijoux. Elisabeth s’évanouit (« Giustizia ! o Sire ! Ho fè Nella lealtà del Re »). Rodrigo et Eboli entrent alors. Rodrigo assure au Roi qu’Elisabeth n’a pas été infidèle : tandis que le Roi regrette ses soupçons, Eboli est prise de remord, comprenant seulement qu’elle a perdu son amie en se vengeant de son amant (« Ciel ! che mai feci ! Ahimè ! »). Restée seule avec la Reine, Eboli lui avoue sa trahison. Elisabeth la condamne à l’exil ou au voile (« Pietà ! perdon ! per la rea che si pente »). Eboli décide de tout tenter pour sauver Don Carlo (« Dono fatal, dono crudel »).

Dans son cachot, Don Carlo reçoit la visite de Rodrigo. Ce dernier lui explique avoir fait en sorte que les papiers compromettant que Carlo lui a confiés soient trouvés chez lui : détournant les soupçons de son ami, il se sacrifie ainsi pour que Don Carlo puisse sauver la Flandre. Alors qu’un assassin pénètre dans la prison et le blesse mortellement, Rodrigo révèle également qu’Elisabeth attendra, la nuit venue, la visite de Don Carlo. Rodrigo meurt (« Son io, mio Carlo. O Rodrigo »). Philippe II entre et pardonne à son fils. Mais ce dernier révèle le sacrifice de Rodrigo : le Roi regrette déjà la perte de son seul confident. A cet instant, le peuple envahit la prison, réclamant le sang du Roi cruel. A sa tête se trouve Eboli, voilée, qui couvre la fuite de Carlo. La foule est alors figée par l’entrée de l’Inquisiteur, qui lui ordonne de s’agenouiller devant son roi (« Mio Carlo, a te la spada io rendo »).

Acte IV

Seule dans le cimetière, Elisabeth repense à sa jeunesse, résolue à sauver Carlo en obtenant son départ. Pour elle, elle n’espère plus que la mort (« Tu che le vanità conoscesti del mondo »). Carlo paraît. Dès qu’Elisabeth évoque le sacrifice de Rodrigo, Carlo accepte de rejoindre la Flandre. Les deux amants se disent adieu (« È dessa ! Un detto, un sol »). Mais Philippe surgit à cet instant, condamnant à mort sa femme et son fils. L’Inquisiteur accepte déjà d’exécuter la sentence. Tandis que Carlo cherche à se défendre, il s'approche du caveau de Charles Quint. Un moine en sort, habillé royalement et portant la couronne, annonçant que les angoisses des cœurs ne s’apaisent qu’au ciel. L’Inquisiteur reconnait la voix de Charles Quint. En effet, terrifié, Philippe reconnait son père. Le moine emmène Carlo dans la tombe (« Per sempre !... Io voglio un doppio sacrifizio ! »).