Acte I

Dans une possession anglaise, en Inde, des hindous prient Brahmâ, leur dieu créateur (« A l'heure accoutumée »). Le prêtre Nilakantha excite leur esprit de revanche face à l’occupant anglais (« Soyez trois fois bénis »). Sa fille Lakmé, accompagne leurs prières (« Blanche Dourga, Pâle Siva »). Nilakantha, devant partir, confie sa fille à ses serviteurs Hadji et Mallika (« Lakmé, c'est toi qui nous protèges »). Lakmé et Mallika partent se promener au milieu des roses (« Viens, Mallika »).

Deux officiers anglais, Gérald et son ami Frederick, paraissent, accompagnés d’Ellen, fiancée de Gérald, de sa cousine Rose et de sa gouvernante Mistress Benson. Frederick raconte que Lakmé, la fille du Brahmane qui vit là, est considéré comme une déesse. Ellen aperçoit ses bijoux et demande à son amant de les dessiner afin qu’ils puissent être reproduits (« Quand une femme est si jolie »). Resté seul, Gérald est troublé par le lieu (« Fantaisie aux divins mensonges »). Lakmé et Mallika reviennent de leur ballade. Seule et sans l’avoir vu, Lakmé ressent la présence de Gérald et se sent charmée (« Pourquoi dans les grands bois »). Au premier regard, Gérald et Lakmé tombent amoureux (« D'où viens-tu? Que veux-tu? »). Mais le jeune homme doit fuir à l’arrivée de Nilakantha, non sans être repéré : le Brahmane réclame vengeance.

Acte II

Sur une place publique, le marché bat son plein : la tapage exaspère Mistress Benson (« Allons, avant que midi sonne »). Déguisés en mendiants, Nilakantha et Lakmé paraissent, le premier espérant attirer le profanateur pour en tirer vengeance (« Lakmé, ton doux regard se voile »). Afin de pousser l’anglais coupable à se dévoiler, il somme Lakmé de chanter (« Où va la jeune Hindoue » : air des clochettes) : en effet, Gérald se trahit. Nilakantha expose à ses hommes le plan de sa vengeance (« Au milieu des chants d'allégresse »). Mais Hadji, ayant perçu le trouble de sa maîtresse, lui propose de sauver Gérald (« Le maitre ne pense qu'à sa vengeance »).

Gérald parvient à retrouver Lakmé : cette dernière lui propose de fuir dans une cabane cachée au cœur de la forêt. Mais Gérald refuse, retenu par son devoir et son honneur de militaire (« Ah! c'est l'amour endormi »). Alors que les indous célèbrent la déesse Dourga, Nilakantha frappe Gérald (« 0 Dourga, toi qui renais »).

Acte III

Dans sa cabane cachée au cœur de la forêt, Lakmé berce Gérald, qui n’est que légèrement blessé (« Sous le ciel tout étoilé »). Gérald se réveille, et réaffirme l’amour qu’il ressent pour Lakmé (« Ah! viens, dans la forêt profonde »). Cette dernière se rend à la source sacrée y puiser l’eau : les amants qui la boivent à la même coupe sont unis pour la vie (« Descendons la pente »). Mais lorsqu’elle revient, Gérald a été rappelé à son devoir par Frederick : trahie, Lakmé boit du poison. Au désespoir, Gérald oublie son devoir et boit à la coupe sacrée : unit à elle, il échappe à la vengeance de Nilakantha alors que Lakmé expire (« Tu m'as donné le plus doux rêve »).