Acte I

Valens, le gouverneur d’Antioche, annonce une fête et un sacrifice à Jupiter pour l’anniversaire de l’Empereur Dioclétien : quiconque sera infidèle aux rites romains sera châtié par l’officier Septime (« Go, my faithful soldier »). Au centurion Didyme qui implore sa clémence, Valens réaffirme sa cruauté envers les rebelles (« Racks, gibbets, sword or fire »). Resté seul avec Septime, Didyme en appelle à son âme généreuse. Mais, bien qu’enclin à la compassion, Septime refuse de désobéir aux ordres (« Descend, kind pity, heav’nly guest »).

Dans un lieu reculé, un groupe de chrétiens se réunit, caché. La noble Theodora les rejoint, privilégiant l’appel de la foi aux vaines richesses (« Fondflatt’ring world, adieu »). Son amie Irène salut son courage (« Bane of virtue, nurse of passions »). Mais alors qu’un messager vient les presser de fuir les Romains, Irène invite ses congénères à se placer sous la protection de Dieu (« As with rosy steps the morn »). Septime paraît et annonce son intention de les châtier (« Dread the fruits of christian folly »). A Theodora qui déclare être prête à mourir, il répond que le sort qui l’attend est bien pire : elle sera livrée à la prostitution au temple de Vénus. Theodora implore les anges de lui éviter un tel sort (« Angels, ever bright and fair »). Alors qu’elle est emmenée par les soldats, Didyme paraît. Aussitôt informé du sort promis à celle qu’il aime, il promet de la délivrer (« Kind Heaven, if virtue be thy care »). Il s’en va, encouragé par le groupe des chrétiens (« Go, gen’rous pious youth ! »).

Acte II

Au Palais, Valens invite ses hôtes à la fête (« Wide spread his name ») et impose un ultimatum à Theodora : se soumettre aux dieux romains ou livrer sa chasteté au plus vil soldat romain. Cette perspective met l’assistance en joie (« Venus laughing from the skies »). Dans son cachot, Theodora se lamente (« With darkness deep, as is my woe ») et espère la mort (« Oh that I on wings could rise »).

De son côté, Didyme implore de nouveau Septime. Mais ce dernier, malgré la honte qui l’envahit, refuse toujours de désobéir (« Though the honours, that Flora and Venus receive »). Il accepte en revanche de fermer les yeux sur la tentative de libération que souhaite entreprendre Didyme, s’attirant la reconnaissance de ce dernier (« Deeds of kindness to display »).

Irène, entourée de chrétien, veille et prie pour Theodora (« Defend her, Heaven ! »). Pendant ce temps, Didyme s’introduit dans la cellule de Theodora et l’observe un instant (« Sweet rose and lily, flow’ry form »). Il lui propose alors d’échanger leurs vêtements afin qu’elle puisse partir, l’honneur sauf. Theodora refuse d’abord qu’il se sacrifie pour elle et lui demande simplement de lui ôter la vie (« The pilgrims home, the sickman’s health »). Mais Didyme s’y refuse et la rassure : Septime le sauvera. Theodora accepte finalement. Ils se disent adieu. Pendant ce temps, Irène et les chrétiens poursuivent leur veillée de prière (« He saw the lovely youth »).

Acte III

Theodora rejoint Irène et les chrétiens rassemblés et leur raconte le sacrifice de Didyme (« When sunk in anguish and despair »). Mais un messager rapporte que Septime n’est pas parvenu à sauver Didyme de la colère de Valens. Ce dernier promet une mort cruelle à la fugitive s’il la retrouvait. Le visage de Theodora s’illumine alors : ne risquant plus l’infamie, elle décide de se livrer pour sauver son libérateur, laissant Irène admirative devant son courage et sa dévotion (« New scenes of joy come crowding on »).

Au Palais, Didyme se défend devant Valens : son geste n’avait pas pour but de lui désobéir, mais de lui éviter un crime odieux. Alors que le gouverneur s’apprête à condamner son prisonnier, Theodora se livre. Devant son courage, Septime implore la pitié de Valens (« From virtue springs each gen'rous deed »). Theodora et Didyme le pressent chacun de libérer l'autre, acceptant le châtiment pour eux-même. Mais Valens décide de les soumettre tous deux à la souffrance (« Ye ministers if justice, lead them hence »). Didyme rassure Septime : son sacrifice lui vaudra la félicité éternelle (« Streams of pleasure ever flowing »). Les deux martyrs marchent vers le supplice, confiants en leur future béatitude (« Thither let our hearts aspire I »).

Peu après, Irène et les chrétiens, sachant le destin de Theodora et Didyme accompli, espèrent avoir le même courage que les deux martyrs afin de prouver que l’amour est plus fort que la mort (« Oh ! Love divine, thou source of fame »).