Acte I

Sur la rive du Tibre, l’ancien sénateur romain condamné à l’exil Cecilio attend son ami Lucio Cinna. Ce dernier paraît et lui apprend que sa bien-aimée Giunia lui est restée fidèle malgré l’insistance du dictateur Lucio Silla, et bien qu’elle le pense mort. Cinna conseille à son ami de rester caché et d’attendre Giunna près de la tombe du père de cette dernière, qu’elle visite chaque jour (« Vieni ov'amor t'invita »). Déjà, Cecilio se réjouit à l’idée de revoir sa fiancée (« Il tenero momento »).

De son côté, Silla demande à sa sœur Celia son aide afin d’obtenir l’amour de Giuna. Cette dernière lui conseille d’user de ruse et de douceur (« Se lusinghiera speme »). Tandis que son ami Aufidio tente de l’en dissuader, Silla rend visite à Giuna et lui demande de choisir entre son amour et la mort. Cette dernière choisit de rester fidèle à son fiancé exilé et à son père, Marius, tué par le dictateur (« Dalla sponda tenebrosa »). Face à ce rejet, l’amour étreint Silla malgré la fureur qui l’envahit (« Il desìo di vendetta »).

Dans le cimetière, Cecilio attend Giunia, caché, pensant aux héros enterrés autour de lui. Giunia se présente alors entourée de sa suite, pleurant la mort de son père et espérant la chute du dictateur (« Fuor di queste urne dolenti »). Les deux amants se retrouvent finalement (« D'Elisio in sen m'attendi »).

Acte II

Aufidio convainc Silla de demander l’appui du Sénat pour contraindre Giunia à l’épouser, certain que cette dernière ne s’opposera pas à la volonté des représentants du peuple. Aufidio lui recommande également de ne pas laisser le remord l’envahir afin de ne pas apparaître faible (« Guerrier, che d'un acciaro »). A sa sœur Celia qui perd espoir de convaincre Giunia, il annonce donc son futur mariage avec la demoiselle. Afin de s’assurer son soutien, il lui promet la main de Cinna qu'elle aime. De son côté, Cecilio, ayant appris l’assassinat de Marius (le père de Giunia), est décidé à tuer le dictateur et sauver ainsi sa fiancée (« Quest'improvviso tremito »). Son ami Cinna croise alors Celia qui n’ose lui annoncer la décision de Silla de les marier le jour même (« Se il labbro timito »). Il s’approche alors de Giunia et l’incite à accepter de partager la couche de Silla afin de trouver une opportunité de le tuer. Cette dernière refuse et lui intime l’ordre de veiller à ce que Cecilio ne se découvre pas (« Ah se il crudel periglio »). Cinna se résout à tuer lui-même le dictateur honnit (« Nel fortunato istante »). Tandis que Giunia le rejette une nouvelle fois, Silla lui promet une mort cruelle, dont elle ne sera pas la seule victime (« D'ogni pietà mi spoglio »). Glacée d’effroi par cette menace, elle supplie Cecilio de fuir (« Ah se a morir mi chiama »). Puis, elle apprend de Celia, qui tente une nouvelle fois de la convaincre d’épouser Silla, le projet du dictateur de marier cette dernière à Cinna (« Quando sugl' arsi campi »). Giunia, craignant que Cecilio ne se soit fait capturer, décide de se rendre devant le Sénat afin d’implorer pitié pour son fiancé (« Parto, m'affretto. Ma nel partire »).

Au Capitole, les sénateurs acclament Lucio Silla (« Se gloria il crin ti cinse »). Ce dernier demande la main de Giunia qui menace de se donner la mort plutôt que d’accepter un tel sort. Cecilio se découvre alors pour le venir en aide et se fait capturer. Silla jubile, tenant enfin sa vengeance (« Quell'orgoglioso sdegno »).

Acte III

Cinna rend visite à Cecilio dans sa prison et lui promet de le sauver. Il offre alors sa main à Celia si elle parvient à convaincre son frère Silla de renoncer à faire exécuter Cecilio. Elle promet d’essayer (« Strider sento la procella »). N’ayant plus aucun espoir, Cecilio confie sa fiancé à Cinna. Ce dernier le réconforte (« De' più superbi il core »).

Giunia, autorisée par Silla à faire ses adieux à son fiancé, lui rend visite dans son cachot. Peu après, Aufidio vient chercher le prisonnier pour le mener à Silla qui doit rendre sa sentence. Les deux amants s’enlacent une dernière fois (« Pupille amate »). Restée seule, Giunia décide de mourir en même temps que son amant (« Fra i pensier più funesti di morte »).

Alors qu’il doit annoncer son verdict, Silla écoute Cinna et Celia, qui le mettent en garde contre les dangers qu’il courrait si Cecilio et Giunia devaient mourir. Silla se laisse finalement fléchir. Amenée, Giunia implore la pitié des sénateurs. Contre toute attente, Silla annonce alors qu’il rend la vie sauve à Cecilio et qu’il l’unit à Giunia. Il annule également les verdicts d’autres opposants condamnés à l’exil. Cinna avoue alors avoir comploté contre la vie du dictateur. En signe de pardon, ce dernier lui donne sa sœur Celia en mariage. Dans un dernier geste d’humilité, Silla abdique de son trône, prônant à présent l’innocence et la force d’âme (« Il gran Silla a Roma in seno »).