Acte I

Ilia, la fille du Roi de Troie, Priam, a été faite prisonnière par les grecs vainqueurs, et ne peut s’empêcher d’éprouver des sentiments pour Idamante, le fils du Roi de Crète, Idoménée, depuis que celui-ci l’a sauvé d’un naufrage. Mais elle voit en Electre une rivale. Cette dernière s’est en effet réfugiée en Crête après que son frère Oreste ait tué sa mère Clytemnestre pour venger son père Agamemnon (« Quando avran fine omai »). Ilia se reproche cet amour coupable envers un ennemi dont elle devrait chercher vengeance (« Padre, germani, addio ! »).

Arrive alors Idamante qui lui déclare son amour. Mais Ilia lui rappelle que les siens ont tué son père et l’ensemble de ses proches. Idamante clame son innocence et promet de libérer les prisonniers troyens (« Non ho colpa »). Grecs et troyens se réjouissent de la paix à venir (« Godiam la pace »). Seule Electre lui reproche de trahir ainsi la Grèce.

Arbace, le conseillé d’Idoménée, paraît alors, annonçant la mort du Roi, dont le navire a été emporté par une tempête. Electre se désespère, voyant ainsi son seul espoir d’épouser Idamante, qu’elle aime, s’évanouir. Elle connait en effet les sentiments de celui-ci pour Ilia (« Tutte nel cor vi sento »).

Idoménée n’est en fait pas mort. En pleine tempête, les matelots implorent les dieux (« Pietà ! Numi, pietà ! »). Idoménée parvient finalement à contenter Neptune : la tempête se calme et le bateau peut accoster. Seul sur le rivage, il est cependant pris de remords : afin de calmer le dieu de la mer, il a promis de sacrifier la première personne qu’il rencontrera sur le rivage. Un innocent devra donc mourrir (« Vedrommi intorno »). Lorsqu’il reconnait son fils en sa première rencontre, il cherche à le chasser, redoutant de devoir le sacrifier. Ce dernier, au comble de la joie en retrouvant son père vivant, ne comprend pas son attitude (« Il padre adorato »). Les troupes crétoises débarquent, rendant hommage à Neptune (« Nettuno s'onori »).

Acte II

Idoménée se confie auprès de son conseillé, Arbace, lui révélant devoir sacrifier son fils. Ce dernier lui conseille d’exiler ce dernier et de trouver un autre dieu acceptant de le protéger. Neptune pourra toujours être apaisé d’une autre manière. Le Roi suit son conseil et ordonne qu’Idamante fuie avec Electre dans la patrie de cette dernière, Argos. Il rassure ensuite Ilia sur ses intentions pacifiques. Celle-ci lui avoue avoir adopté la Crète pour partrie (« Se il padre perdei »). Idoménée comprend à ces mots l’amour qui unit son fils et la Princesse troyenne, et s’en inquiète (« Fuor del mar ho un mare in seno »).

Ayant appris son départ pour Argos en compagnie d’Electre, Ilia reproche à mots couverts sa trahison à Idamante, qui lui redit son amour fidèle et éternel (« Non temer, amato bene »). De son côté, Electre se ravit à l’idée de partir accompagnée d’Idamante, persuadée que loin de sa rivale, elle parviendra à le séduire (« Idol mio, se ritroso »). Elle se rend au port où les marins s’apprêtent à embarquer pour Argos (« Placido è il mar, andiamo »). Electre et Idamante font leurs adieux à Idoménée (« Pria di partir, oh Dio ! »).

Mais avant que le navire ne quitte le rivage, une soudaine tempête se lève, terrorisant le peuple resté à terre. Idoménée implore Neptune de ne se venger que sur lui, mais un monstre terrible sort des eaux et épouvante la foule (« Qual nuovo terrore ! »).

Acte III

Au palais, ignorant les derniers évènements, Ilia se lamente du départ de son amant (« Zeffiretti lusinghieri »). Ce dernier paraît alors, lui annonçant qu’il part combattre le monstre qui terrorise la cité. N’y résistant plus, Ilia le supplie de ne pas risquer sa vie et lui avoue son amour. Les deux amants goûtent ce moment de félicité (« S'io non moro a questi accenti »). Mais ils sont surpris par Electre et Idoménée. Ce dernier lui renouvelle son ordre de fuir sa terre natale, sans lui en expliquer la raison. Electre, de son côté, crie vengeance. Les quatre personnages restent glacés, désespérés de la tournure des évènements (« Andrò rammingo »).

Arbace vient alors prévenir Idoménée qu’une foule immense, guidée par le Grand Prêtre de Neptune, demande à lui parler. Pressé de dévoiler le nom de la victime attendue par Neptune afin de faire cesser les carnages du monstre, Idoménée s’exécute. Au nom d’Idamante, le peuple s’émeut et invoque les dieux (« Oh voto tremendo »). Alors qu’Idoménée se prépare au sacrifice, des cris de joie retentissent (« Accogli, oh re del mar »), annonçant la victoire d’Idamante sur le monstre.

Celui-ci revient triomphant, s’offrir pour le sacrifice. Après un dernier et tendre échange, Idoménée se résout à sacrifier son fils, mais il est d’abord interrompu par Ilia qui demande a être sacrifiée à la place de son amant, puis par une voix divine annonçant que Neptune, touché par l’amour sincère démontré par les protagonistes, accepte que le sacrifice n’aie pas lieu, pardonnant à Idoménée pour ses fautes, sans pour autant pardonner au roi : Idoménée devra laisser le trône à son fils, qui pourra épouser Ilia. Alors qu’Idoménée, Idamante et Ilia se réjouissent de ce rebondissement, Electre sombre dans le désespoir et annonce son intention de se donner la mort (« D'Oreste, d'Aiace »).

Idoménée annonce au peuple qu’Idamante est leur nouveau roi, et bénit l’union de son fils avec Ilia (« Torna la pace al core »), provoquant les vivats de la foule (« Scenda Amor »).