Acte I

Le vieux Capitaine Edward Fairfax Vere devise sur le bien et le mal, sa conscience ne parvenant pas à trouver la paix, suite à un ancien incident (« I am an old man who has experienced much »).

Bien des années auparavant, en 1797, pendant la guerre contre la France, l’équipage s’active sur le pont principal de L’Indomptable, navire dirigé par le Capitaine Vere. Bosun ordonne à Squeak de fouetter un Novice maladroit (« Pull, me bantams ! »). Soudain, la Grande-Hune annonce l’approche d’un canot, qui apporte trois recrues. Flint, le Maître d’équipage, déplore la faible qualité des nouveaux arrivants (« Boat ahoy ! »). Le Lieutenant Ratcliff paraît : les trois recrues ont été enrôlées de force sur un navire marchand, Les Droits de l’Homme. Le Capitaine d’armes Claggart interroge les nouveaux venus : le Premier, Joseph Higgins dit Red Whiskers, montre de la mauvaise volonté, au contraire du second, Arthur Jones. Le troisième Billy Budd, apparaît à tous comme un bon marin malgré son bégaiement. Enthousiaste, Billy Budd dit adieux aux Droits de l’Homme, son précédent navire, ce qui est interprété comme un signe de rébellion par ses supérieurs (« To report having boarded the British merchantman »). Claggart notamment se montre virulent : il offre à Squeak de fermer les yeux sur les méfaits que ce dernier pourrait commettre à l’encontre de Billy Budd (« I heard, your honour ! »). Le Novice revient alors, soutenu par son ami mais anéanti par sa flagellation (« The flogging, sir »). Deux matelots, Donald et Dansker prennent à parti Billy Budd et Red Whiskers. Mais tous se retrouvent pour chanter les louanges du Capitaine Vere (« 0 Christ ! The poor chap »).

Dans sa cabine, le Capitaine Vere reçoit Redburn et Flint pour leur annoncer la prochaine bataille contre les français. Il leur fait part également de son inquiétude quand au risque de mutinerie, mais les rassure au sujet de Billy Budd dont il loue l’enthousiasme (« Boy ! Yes, sir ! »). 

Pour passer le temps, les marins chantent (« Blow her away »). Donald apporte de la gaieté au chant, bien suivi par Red Whiskers et Billy Budd (« We're off to Samoa »). Seul Dansker est morose : Billy Budd va lui chercher du tabac pour le réconforter, mais il trouve Squeak en train de fouiller dans son sac. Ils se battent mais sont séparés par Claggart, qui fait arrêter Squeak et félicite Billy Budd pour son agilité (« Come along, Dansker, and sing ! »). Resté seul, Claggart se promet de ne laisser subsister aucune trace de beauté ou de bonté dans les ténèbres dans lesquels sa vie est plongée (« Oh beauty, oh handsomeness ») : il contraint le Novice à compromettre Billy Budd (« Come here. Remember your promise »). Le Novice va donc réveiller Billy Budd et lui offre de conduire une mutinerie. Billy Budd le chasse et va se confier de cette proposition à Dansker, qui comprend aussitôt de quoi il retourne et le met en garde, en vain, contre Claggart (« Billy... Hist ! Billy Budd ! »).

Acte II

Alors que Claggart cherche à dénoncer Billy Budd auprès du Capitaine Vere, il est interrompu par l’approche d’un navire français : c’est le branle-bas-de-combat. Donald, Bansker, Red Whiskers et Billy Budd se portent volontaires pour l’abordage (« I don't like the look of the mist »). L’attaque doit finalement être reportée, faute de vent, ce qui démoralise les matelots (« Wait yet ! We're out of range »). De nouveau, Claggart accuse Billy Budd de mutinerie auprès du Capitaine Vere, mais celui-ci ne le croît pas (« There you are again »).

Vere fait appeler Billy Budd pour le confronter à son accusateur. Mais, empêché de se défendre par un bégaiement, Billy Budd frappe Claggart et le tue sur le coup (« Claggart, John Claggart, beware »). Vere est pris d’effroi devant l’injuste sort qui attend l’innocent Billy Budd (« The mists have cleared »). Il fait toutefois appeler les officiers afin qu’il soit jugé. Billy Budd reconnaît les faits : il est condamné à la pendaison, sans que le Capitaine Vere n’intervienne pour le sauver (« Gentlemen, William Budd here has killed »). Resté seul, Vere se reproche son inaction, qui condamne un innocent (« I accept their verdict »).

Seul dans se cellule, Billy Budd pense à sa mort prochaine (« Look ! Through the port »). Il est visité par Dansker, qui le réconforte et lui rapporte que certains camarades pensent à se mutiner pour le sauver. Billy Budd s’y oppose et offre d’avance son pardon au Capitaine Vere, emporté comme lui par la fatalité (« Here ! Baby ! »). Pris d’un sentiment religieux, il accepte sa mort prochaine (« And farewell to ye »).

Au matin, l’équipage se rassemble pour assister à l’exécution de la sentence. Avant le moment fatal, Billy Budd bénie le Capitaine Vere (« According to the Articles of War »).

Des années plus tard, le vieux Capitaine Vere se remémore ces événements. Il regrette toujours de n’avoir pas sauvé le bon Billy Budd. Mais il se sait sauvé par la bénédiction que ce dernier lui a accordée (« We committed his body to the deep »).