Acte I

Jenufa, une jeune femme de Moravie, s’inquiète de ne pas voir revenir son amant Steva dont elle porte l’enfant : si celui-ci devait avoir été choisi pour intégrer l’armée et partir à la guerre, leur mariage ne pourrait avoir lieu et elle sombrerait dans le déshonneur. Le frère de Steva, Laca, reproche à sa grand-mère Stařenka Buryjovka de lui faire sans cesse ressentir qu’il n’est pas de leur famille, lui qui, orphelin, a été recueilli lorsqu’il était enfant. Au contraire, Steva a toujours été cajolé. Jenufa promet à la grand-mère de prendre soin du romarin : si celui-ci venait à faner, leur bonheur flétrirait également. Le jeune ouvrier Jano paraît alors, remerciant Jenufa de lui avoir appris à lire. La grand-mère vante l’intelligence de Jenufa, mais celle-ci affirme l’avoir perdue.

De son côté, Laca confie à son ami Starek être follement amoureux de Jenufa, et avoir enfoui des vers dans la terre du romarin, pour qu’il fane ainsi que le mariage entre son frère et Jenufa. Ce dernier annonce que Steva n’a pas été enrôlé. Laca s’en désole, mais Jenufa exulte. Et en effet, Steva revient, ivre, entouré de soldats enrôlés. Alors que tout le monde danse, la mère de Steva, Kostelnicka, paraît et interrompt la fête : son propre mari était également un ivrogne fainéant, dépensier et violent. Aussi n’autorisera-t-elle le mariage que lorsque Steva se sera abstenu de boire pendant un an. La grand-mère renvoie alors les soldats. Jenufa supplie son amant de satisfaire sa mère afin que leur mariage puisse avoir lieu avant la naissance de leur enfant. Steva lui promet de ne pas lui faire défaut, puis s’en va. Laca revient et courtise la jeune femme qui le repousse. Jaloux de ne pas être préféré à son frère qui n’aime la jeune femme que pour sa beauté, Laca défigure Jenufa d’un coup de couteau à la joue.

Acte II

Les mois ont passé. Jenufa a avoué sa faute à sa belle-mère, Kostelnicka, qui l’a cachée jusqu’à la naissance de l’enfant huit jours plus tôt. Steva n’est toujours pas venu voir l’enfant. Jenufa ne trouvant pas le sommeil, Kostelnicka lui prépare un brevage pour l’aider à dormir. Une fois la jeune femme endormie, Kostelnicka, regrettant amèrement la naissance de l’enfant, se prépare à l’arrivée de son fils, qu’elle a convoqué.

Justement, Steva paraît. Sa mère lui reproche de n’être pas venu prendre des nouvelles plus tôt. Celui-ci avoue ne pas supporter de voir Jenufa défigurée. Steva confie de l’argent à sa mère pour élever l’enfant, mais refuse que l’on sache qu’il est son fils : il s’est entre temps fiancé avec la fille du maire. Alors que Steva fuie la maison, Laca vient visiter sa mère. Apprenant que Steva n’épousera pas Jenufa, Laca demande à sa mère de la lui donner. Kostelnicka lui révèle la naissance de l’enfant. Laca refusant de reconnaître l’enfant, sa mère lui fait croire que ce dernier est mort. Laca quitte les lieux, fou de joie. Kostelnicka, après une longue hésitation, décide de noyer l’enfant dans la rivière.

Jenufa se réveille, se lamentant de la triste vie qu’elle mène cachée. Elle se rend alors compte que le bébé a disparu. Imaginant que Kostelnicka l’a emmené prendre l’air, elle prie la Vierge Marie pour lui. Kostelnicka rentre à la maison et fait croire à Jenufa qu’elle est restée endormie longtemps à cause d’une fièvre, et que son enfant est mort pendant ce temps. Elle lui annonce que Steva est venu et s’est enfuit. Jenufa prie alors pour l’enfant et pardonne au père. Laca revient alors, se montrant doux avec la jeune femme qu’il tente de consoler. Malgré son déshonneur et sa pauvreté, Laca lui promet de l’aimer telle qu’elle est, pour le meilleur et pour le pire. Kostelnicka bénit leur couple et maudit Steva.

Acte III

Alors que l’été est revenu, Jenufa et Laca célèbrent leurs noces. Le maire et sa femme paraissent pour y participer. Ils observent que Kostelnicka dépérit : celle-ci est en effet rongée par le remord. De leur côté, les deux fiancés échangent quelques mots tendres, apprenant déjà à vivre ensemble malgré les torts que chacun a envers l’autre. Laca annonce avoir invité Laca au mariage, ainsi que sa fiancée, Karolka : ils arrivent d’ailleurs tous deux. Les quatre jeunes gens échangent quelques politesses. Déjà, Karolka semble regretter son engagement vis-à-vis de Steva. Une chorale vient célébrer les époux. Kostelnicka bénit le couple. Le jeune ouvrier Jano apparaît alors, annonçant qu’un bébé a été retrouvé dans la rivière dégelée. Tandis que Kostelnicka est prise d’effroi, Jenufa reconnait qu’elle est la mère de l’enfant. Les villageois, pensant qu’elle a assassiné son fils, réclament un châtiment. Elle est défendue par Laca et par Kostelnicka, qui admet son crime. Tandis que Karolka renonce à épouser Steva, Laca s’accuse de l’avoir défigurée pour que son frère la quitte. Comprenant les raisons qui ont poussé sa belle-mère à agir, Jenufa réclame la clémence pour elle. Pardonnée par Jenufa, Kostelnicka accepte d’endurer le jugement et les souffrances qui l’attendent à présent.

Restée seule avec Laca, Jenufa lui propose de reprendre son engagement : le déshonneur public qui la vise et le procès à venir empêchent à présent leur mariage. Mais Laca se dit prêt à subir ces épreuves à ses côtés. Jenufa lui déclare alors son amour. Un amour qui, cette fois, plait à Dieu.