L’actuel Opéra de Bordeaux succède à deux autres salles. La première d’entre elles est située dans les jardins de l’ancien hôtel de ville en 1738 et brûle dans la nuit du 28 au 29 décembre 1755. La seconde est un théâtre temporaire érigé en 1760. La ville de Bordeaux, qui vit alors son âge d’or, juge en effet nécessaire de se doter d’un opéra digne de sa stature. C’est l’architecte parisien Victor Louis qui réalise l’Opéra de Bordeaux entre 1773 et 1780. La salle est inaugurée le 7 avril 1780 par une représentation d’Athalie de Racine.

Le Grand Théâtre de Bordeaux est un chef-d’œuvre de l’architecture néoclassique du XVIIIe. Il a d’ailleurs eu une forte influence sur Charles Garnier lors de la conception de l’Opéra de Paris. L’imposant escalier dans le foyer de l’entrée est l’un des détails les plus marquants, puisqu’il confère un côté théâtral aux allées et venues du public, faisant de l’opéra un lieu d’ostentation non seulement pour les acteurs, mais aussi pour les spectateurs.

Si le lieu n’est pas réservé à l’art lyrique et au ballet, comme en témoigne le choix de Racine pour l’inauguration, c’est toutefois sa vocation principale, et cela deviendra au fil des ans son usage exclusif. Peu après son ouverture, l’Opéra de Bordeaux voit la création du ballet La fille mal gardée de Louis Joseph Ferdinand Hérold en 1789, qui est désormais une œuvre de répertoire.

Au cours du XIXe, la décoration initiale à dominante bleue et dorée est remplacée par du rouge et or en conformité avec les goûts de l’époque. Par ailleurs, l’opéra accueille les plus grandes personnalités de l’époque comme Franz Liszt, la Falcon, ou Marius Petipa, qui y est embauché comme premier danseur en 1841 et y fait ses débuts de chorégraphe. En 1871, l’Opéra de Bordeaux accueille très brièvement l’Assemblée Nationale, interrompant alors ses saisons lyriques. Il retrouve cependant rapidement sa place prééminente, en particulier au cours du XXe siècle, attirant les plus grands artistes du moment.

Entre 1990 et 1991, l’intérieur du Grand Théâtre est entièrement restauré. Les couleurs bleu et doré originelles sont rétablies, et l’équipement de la salle est modernisé pour le rendre plus compatible avec les mises en scène contemporaines.

Plus récemment, l’Opéra de Bordeaux accueille la compétition Operalia présidée par Placido Domingo en 1996. En 2001, il devient d’ailleurs la troisième salle de province après Lyon et l’Opéra du Rhin à recevoir le prestigieux statut d’opéra national.

L’Opéra de Bordeaux reste aujourd'hui l’une des plus grandes scènes françaises bénéficiant de son propre chœur et du Ballet national de Bordeaux, ainsi que de son orchestre associé, l’Orchestre National Bordeaux Aquitaine. Depuis 2013, il dispose également un Auditorium, lui permettant d'élargir son répertoire, le Grand Théâtre ayant une fosse de taille limitée. La programmation, d’environ huit opéras par saisons, couvre toutes les périodes, du baroque à la création contemporaine.