Emily Magee naît en 1968 à New York. Elle étudie le chant au Westminster Choir College, puis à la Jacobs School of Music de l'université de l'Indiana à Bloomington où elle bénéficie de la grande wagnérienne Margaret Harshaw comme mentor. Elle fait ses débuts sur scène en 1995 dans le rôle de Fiordiligi dans Cosí fan tutte de Mozart à l'Opéra Lyrique de Chicago, rôle assez peu représentatif de sa future carrière. Ses débuts à l'étranger le sont en revanche beaucoup plus, puisqu'elle interprète Elsa dans Lohengrin de Wagner à Berlin sous la direction de Daniel Barenboim en 1996. Le rôle lui réussit, et, l'année suivante, Daniel Barenboim l'invite à chanter Eva dans les Maîtres Chanteurs de Nuremberg du même compositeur au Festival de Bayreuth. Elle chante ensuite le rôle de Gutrune dans Le Crépuscule des dieux à La Scala en 1998.

Elle fait ses débuts à Covent Garden dans le rôle-titre de Jenufa de Janacek en 2001. Quatre ans plus tard, en 2005, elle incarne Ellen Orford dans Peter Grimes de Britten à Zurich. Elle s'empare du rôle de l'Impératrice, rôle-titre de La Femme sans ombre et qui devient l'un de ses rôles-phares, en 2007 à Hambourg, qui lui offre l'année suivante le rôle-titre d'Arabella. La même année, elle s'empare du rôle de la Princesse étrangère dans Rusalka de Dvorak au Festival de Salzbourg et de celui de Tosca de Puccini à Dortmund. Zurich lui offre ensuite les rôles de Chrysothémis dans Elektra en 2010 et de Minnie dans La Fille du Far-West en 2011. Elle se rend à l'Opéra de Vienne en 2012 avec Tosca. Elle chante aussi la Maréchale dans le Chevalier à la rose et les rôles-titres de Salomé à Vienne et Ariane à Naxos au Festival de Salzbourg. Elle interprète le rôle de la Comtesse Madeleine dans Capriccio à Lyon en 2013. Ce rôle lui offre ses débuts à l'Opéra de Paris en 2016, en remplacement d'Adrianne Pieczonka. En 2018, elle s'empare du rôle de Sieglinde dans La Walkyrie au ROH et de celui de Leonora dans La Force du destin à Dresde. En 2019, elle prend le rôle de Ghita dans Le Nain à l'Opéra allemand de Berlin.