Paul-Emile Fourny naît en 1961 et étudie au Conservatoire Royal de Wallonie à Liège. Il obtient par ailleurs un premier prix dans la section Arts de la parole en 1981. Gérard Mortier recrute le chef belge au Théâtre de la Monnaie (Bruxelles) en 1985. Quatre ans plus tard, il quitte la Belgique pour travailler à l'Opéra d'Avignon et pour les Chorégies d'Orange.

De 2001 à 2009, il est Directeur général et artistique de l'Opéra de Nice. Parallèlement, en 2002, il met en scène Roméo et Juliette de Gounod à Nice, Lucia di Lammermoor de Donizetti au Festival Musiques d'Antibes ainsi que Don Giovanni de Mozart sur la même scène. L'année suivante, c'est au tour de Carmen de Bizet d'être revisité par le metteur en scène au Palais Nikaïa (Nice). Il dirige une production de Norma de Bellini en 2005 à Maribor (Slovénie) puis de Werther de Massenet à Metz un an plus tard. Il reçoit en 2007 les insignes de Chevalier de la Légion d'honneur. Le Liégeois devient Directeur artistique à l'Opéra-Théâtre de Metz Métropole en 2011.

En 2012, Paul-Emile Fourny se rend à Séoul pour reprendre sa Carmen puis il imagine une nouvelle production de My Fair Lady de Loewe à Metz. Il retourne à Maribor en 2013 pour Don Giovanni puis enchaîne avec Aïda de Verdi à Toulon et La Traviata du même compositeur à Metz. Il s'attaque ensuite au Tryptique (Il Tabarro, Soeur Angélique et Gianni Schicchi) de Puccini à Maribor entre 2013 et 2014.

Parallèlement, il met en scène en 2013 à Metz une nouvelle production de Lakmé de Delibes sous la direction musicale d'Alain Mercier, puis Le Bal masqué de Verdi à Berne. Il présente Faust de Gounod en 2014 à Hong Kong. Fourny dirige en 2016 plusieurs nouvelles productions comme celles du Songe d'une Nuit d’Été de Britten à Metz, de Manon Lescaut d’Auber à Liège, de Samson et Dalila de Saint-Saëns à Maribor et du diptyque Paillasse de Leoncavallo / Cavalleria Rusticana de Mascagni à Metz. L'année suivante, il livre ses versions Des Contes d'Hoffmann d'Offenbach, de Werther et de La Bohème de Puccini à Metz.

Durant la saison 2018/2019, Paul-Emile Fourny produira deux nouveaux spectacles à Metz : Tosca de Puccini en février 2019 et Carmen au mois de juin.