Acte I

Sur la place de la Cathédrale de Constance, en 1414, Ruggiero, le grand Prévôt, annonce à l’assemblée les festivités accompagnant la tenue du concile. Mais son discours est interrompu par le bruit des travaux du juif Eléazar, qui brave ainsi l’interdiction de travailler (« Te deum laudamus »). Sommairement condamné à mort pour hérésie, Eléazar est pourtant sauvé par le Cardinal Brogni, qui lui demande pardon de l’avoir jadis banni de Rome. Eléazar se souvient que Brogni avait alors perdu sa femme et sa fille dans un incendie, mais il refuse la paix qui lui est offerte, déterminé à venger ses fils, jadis condamnés à mort par Brogni (« Si la rigueur et la vengeance »).

Dans la foule, le Prince chrétien Léopold, déguisé en juif étudiant se faisant appeler Samuel, chante une sérénade à Rachel, qui l’invite le soir même à venir chez son père (« Loin de son amie »). Mais Ruggiero s’en prend de nouveau à Eléazar et à sa fille, Rachel, menaçant de les noyer dans le lac de Constance. Heureusement, Léopold, d’un mot, les soustrait au danger : le pouvoir que ce dernier exerce sur la foule intrigue cependant la jeune femme (« Ô surprise nouvelle »).

Acte II

Chez Eléazar, Léopold est invité à fêter Pessah. De nouveau, Rachel est surprise que son amant évite de manger le pain sans levain (« Ô Dieu de nos pères »). Soudain, des coups sont frappés à la porte : les convives cachent les signes de fête. Eléazar renvoie ses invités, mais garde Léopold avec lui au cas où une défense lui serait nécessaire. La Princesse Eudoxie, promise au Prince Léopold qu’elle ne reconnait pas dans son déguisement, paraît, désirant acheter à Eléazar un joyau magnifique qu’elle souhaite offrir à son fiancé. Eléazar, ravi de sa belle affaire, promet de le lui porter le lendemain (« Tu possèdes, dit-on, un joyau magnifique ! »). Une fois la Princesse partie, Léopold promet à Rachel de lui confier son secret et lui donne rendez-vous le soir même, ce qui la plonge dans un trouble extrême (« Il va venir ! »). Plus tard, Léopold la retrouve et lui révèle qu’il est chrétien : ils décident de fuir tous les deux (« Lorsqu'à toi je me suis donnée »), mais ils sont surpris par Eléazar. D’abord menaçant envers Léopold, il se laisse attendrir par Rachel. Mais alors qu’il bénit l’union des deux amants, Léopold, terrassé par le remord, refuse cet hymen et prend la fuite (« Je vois son front coupable »).

Acte III

Dans les jardins du palais une fête est donnée en l’honneur de Léopold, dont la gloire et le mariage à venir avec Eudoxie sont célébrés (« Ô jour mémorable »). Eléazar et Rachel paraissent, apportant le bijou promis. Découvrant la véritable identité de Léopold, Rachel le dénonce, se condamnant avec lui au trépas (« Sonnez, clairons ») et jetant l’assemblée dans l’effroi (« Je frisonne et succombe »). Le Cardinal Brogni proclame l’anathème sur le couple et sur Eléazar (« Eh bien ! nobles seigneurs »). Juifs et chrétiens s’en remettent à Dieu (« Malheur extrême »).

Acte IV

La Princesse Eudoxie vient trouver Rachel dans sa prison, et la supplie de sauver Léopold en se rétractant : malgré sa fureur, Rachel accepte (« Du cardinal voici l'ordre suprême »). Brogni vient à son tour, espérant secrètement la sauver. Devant la fermeté de la jeune femme, il décide d’en appeler à Eléazar, et lui propose de les sauver tous deux s’il se convertit. Mais Eléazar demeure inflexible. Pour se venger, il révèle au Cardinal que sa fille est vivante, que lui seul sait qui elle est, mais qu’il emportera ce secret dans sa tombe (« Mourir, mourir si jeune ! »). Mais resté seul, il réalise qu’il sacrifie Rachel (qui n'est autre que la fille de Brogni, jadis sauvée des flammes) à sa vengeance (« Rachel, quand du Seigneur »). Alors qu’il avait résolu de sauver sa fille, des cris de haines réveillent sa soif de vengeance (« Dieu m'éclaire, Fille chère »).

Acte V

Alors que la foule se réjouit de l’exécution à venir (« Quel plaisir ! quelle joie ! »), Ruggiero annonce que Léopold n’a pas été condamné suite à la rétractation de Rachel. Cette dernière confirme avoir seule été coupable (« Le concile prononce un arrêt rigoureux ! »). Le Cardinal Brogni entonne une prière pour les condamnés. Pris par le doute, Eléazar propose à sa fille de la sauver, mais cette dernière refuse d’abjurer sa foi et s’avance vers le bûcher. Avant de l’y rejoindre, Eléazar révèle au Cardinal Brogni l’identité de sa fille (« Au pécheur Dieu soyez propice »).