Acte I

Alors que le clan du Comte de Luddorf attaque le château de son ennemi de toujours, le Baron de Moldaw, la bataille est interrompue par Pierre l’Ermite : Dieu appelle à la réconciliation. A cette fin, le premier fils de Luddorf doit épouser la fille de Moldaw («Dieu puissant, daigne m'entendre»).  Alors que tous entrent dans le château sceller cette union, le second fils du Comte de Luddorf, Rodolfe, paraît à la tête de renforts. Informé du dénouement de la bataille, Rodolfe s’insurge : il partage avec Agnès un amour aussi profond que réciproque (« En vain la discorde inhumaine »). Pierre tente en vain de l’apaiser (« Dieu nous commande l'espérance »). Justement, Agnès paraît, désespérée. Rodolfe lui propose de fuir ensemble. Mais à l’idée de trahir son père et de marcher sur les remparts hantés par la Nonne sanglante, un fantôme qui y ère la nuit, Agnès renonce (« Mon père, d'un ton Inflexible »). Alors que Rodolfe se jette aux genoux d’Agnès paraissent les deux clans. Rodolfe révèle à tous l’amour qu’il porte à Agnès : son père jette sur lui l’anathème (« 0 terreur qui m'accable ! »). Devant le désespoir de son amant, Agnès promet de le rejoindre à minuit. Rodolfe exulte (« 0 bonheur ineffable ! »)

Acte II

Devant une taverne, les villageois s’abreuvent. Urbain, le page de Rodolfe, cherche à les éloigner pour préparer la fuite de son maître et d’Agnès. Il reçoit le concours du Veilleur de nuit (« Assez rire et boire ! »). Le page envie les amours de son maître (« L'espoir et l'amour dans l'âme »). Alors que minuit approche, Rodolfe attend Agnès. Voyant s’approcher une femme voilée  qu’il prend pour son amante, il jure d’être à elle. C’est pourtant avec la Nonne sanglante qu’il s’enfuit (« Du Seigneur, pâle fiancée »).

Rodolfe et la Nonne sanglante trouvent refuge dans le château abandonné de ses aïeux. Soudain, des spectres l’entourent : la Nonne sanglante lui indique qu’ils sont venus comme témoins de leurs noces. Parmi eux se trouve son frère, Théobald (promis à Agnès). Révélant sa véritable identité, la Nonne lui rappelle son serment : il a juré d’être à elle (« Les morts reviennent »).

Acte III

Des Bohémiens festoient et dansent pour les fiançailles de deux paysans, Fritz et Anna (« Valsez sous l'ombrage »). Urbain se joint à eux, à la recherche de son maître, porteur d’une bonne nouvelle (« Un page de ma sorte »). Son frère ayant été tué, Rodolfe peut désormais épouser Agnès. Mais ce dernier est horrifié : son hymen avec la Nonne sanglante l’empêche de goûter à ce bonheur (« Malheur au fiancé de la Nonne sanglante »). Alors que Rodolfe reprend espoir (« Un air plus pur »), la Nonne sanglante lui apparaît de nouveau. Elle lui indique qu’il ne sera délié de son serment que si son âme peut enfin reposer en paix. Pour cela, il devra la venger et tuer son meurtrier, qu’elle lui désignera. Rodolfe s’y engage (« Me voici- moi, ton supplice ! »).

Acte IV

Au château du Comte de Luddorf, les noces de Rodolfe et Agnès se préparent (« Bons chevaliers, vaillants hommes d'armes »). Conviés, Anna et Fritz refusent l’offre qui leur est faîte de coupler leur mariage à celui de leurs hôtes : Anna, la Bohémienne, juge leur mariage maudit. Alors qu’Agnès se réjouit de cet union, Rodolfe est terrifié par une nouvelle apparition de la Nonne sanglante (« De t'aimer sans cesse »). Celle-ci lui désigne son meurtrier, qui n’est autre que Luddorf lui-même : à la surprise de l’assemblée, Rodolfe renonce à son mariage, ne pouvant se résoudre à tuer son père (« 0 terreur ! Qu'a-t-il donc ? »).

Acte V

Seul, Luddorf est rongé par le remord de son crime : il est résolu à protéger son fils du courroux de la Nonne sanglante (« De mes fureurs déplorable victime »).  Il surprend alors une conversation entre des partisans de Moldaw, parmi lesquels Norberg et Arnold, qui ont tendu un piège à Rodolfe pour venger son offense. Justement, ce dernier s’approche, poursuivi par Agnès qui lui demande des explications sur son comportement (« Toi, Rodolfe, parjuré et traître ! »). Alors que le guet-apens se referme sur lui, il est secouru par son père qui périt sous les coups des assassins. La Nonne sanglante emporte le corps sans vie de son meurtrier, autorisant dès lors Rodolfe et Agnès à vivre heureux.