C’est en 1695 que démarre la construction de la première scène lyrique de Bruxelles. Le bâtiment est édifié à l’emplacement du lieu où l’on frappait la monnaie, qui vient d’être détruit par le bombardement de Bruxelles par les troupes françaises, d’où le nom. La première salle est inaugurée par une représentation d'Atys de Lully. Durant son existence, c’est le répertoire français qui prédomine, devenant rapidement la deuxième scène francophone après Paris. Le lieu accueille également des représentations théâtrales. Quand la Belgique est annexée à la France durant le Consulat, Napoléon s’aperçoit que la salle est en délabrement, et lance les projets d’une deuxième salle. Cependant, la construction n’est menée à bien qu’après la chute de l’Empire, alors que la Belgique est intégrée au Royaume-Uni des Pays-Bas. Les travaux ont lieu de 1818 à 1819. C’est l’opéra de Grétry la Caravane du Caire qui inaugure le nouveau lieu. La bâtiment, œuvre de l’architecte Louis Damesme est de facture néoclassique. Certaines des plus grandes voix de leur temps s’y produisent, notamment Maria Malibran.

La Monnaie occupe une place centrale dans la naissance de l’Etat belge. En effet, une performance de La Muette de Portici d'Auber marque le début de la Révolution belge qui entraîne la création du Royaume de Belgique. Le roi Guillaume II des Pays-Bas vient alors de lever son interdiction sur cette œuvre. En effet, l’opéra est jugé idéologiquement dangereux car il traite d’une révolte à Naples. Surtout, une représentation est perturbée par des nationalistes belges, alors même que la Révolution de Juillet bat son plein à Paris. La représentation fatidique a lieu le soir du 25 août 1830. Un journal local, Le Courrier des Pays-Bas a auparavant diffusé un message codé appelant à se soulever à un moment donné de la représentation, durant le cinquième acte. Alors que sur scène, le chanteur qui joue Masaniello s’écrie « Aux armes ! », la foule quitte la salle en masse, et vient rejoindre les manifestants dans la rue.

En 1853, la Monnaie arrête définitivement de donner des représentations théâtrales, se consacrant entièrement à l’art lyrique et au ballet. La Monnaie brule une seconde fois en 1855. L’actuel bâtiment est créé par l’architecte Joseph Poelaert. Il est de style éclectique, c’est-à-dire un mélange de renouveau baroque, rococo et renaissance. La salle est inaugurée le 25 mars 1856 par une représentation de Jaguarita l’Indienne de Jacques-Fromental Halévy. La salle demeure à cette période l’une des plus réputées d’Europe, jouant surtout des compositeurs français et italiens. La fin du siècle est une époque particulièrement féconde pour la Monnaie. La salle voit en effet la création d’opéras de grands compositeurs tels que Jules Massenet (Hérodiade en 1881), Emmanuel Chabrier (Gwendoline en 1886) ou Vincent D’Indy (Salammbô en 1890, Fervaal en 1903). Le directeur musical Sylvain Dupuis, qui prend ses fonctions en 1900 est l’une des personnalités les plus importantes de l’institution. Il dirige notamment les créations du Roi Arthus de Chausson (1903), de la dernière version de Pepita Jiménez d’Albeniz (1905) et du Chant de la Cloche de d’Indy (1912). Dans l’entre-deux-guerres, la Monnaie voit d’autres créations de compositeurs notables, comme Darius Milhaud (Les Malheurs d’Orphée, 1926), Arthur Honneger (Antigone, 1927) et Sergueï Prokofiev (Le Joueur, 1929).

En 1963, la Monnaie passe sous le contrôle national, alors qu’elle était auparavant gérée par la municipalité de Bruxelles. La direction de Gérard Mortier (1981-1991) est une période importante pour l’établissement. Après une relative éclipse, la scène bruxelloise retrouve son éclat d’antan. L’arrivée de Sylvain Cambreling, dont le mandat coïncide avec celui de Gérard Mortier, y est pour beaucoup. La scène redevient un lieu de création, comme celle de La Passion de Gilles de Philippe Boesmans en 1983. La Monnaie connaît d’importants travaux de restaurations entre 1985 et 1986. Elle continue cependant à promouvoir des créations, comme l’Allegro, il Penseroso e il Moderato de Mark Morris en 1988. La Monnaie est même au centre d’une controverse relayée dans la presse internationale, lors de la première mondiale de La Mort de Klinghoffer de John Adams. L’opéra déchaine les passions, en raison de son sujet épineux, qui traite d’une prise d’otage sur un navire de croisière par des combattants du Front de Libération Palestinienne aboutissant au meurtre d’un passager juif handicapé, certains considérant l’œuvre antisémite. En 1992, Bernard Foccroulle prend la direction générale, et Antonio Pappano la direction musicale. Foccroulle nomme également Anna-Teresa de Keersmaker à la tête du ballet. La renommée de l’orchestre de la Monnaie continue de fleurir, celui-ci se produisant dans des tournées internationales. C’est également l’occasion d’autres premières mondiales, avec deux œuvres de Philippe Boesmans, Reigen (1993) et Wintermärchen (1998). En 2002, Antonio Pappano quitte la Monnaie pour Covent Garden. Il est remplacé par Kazushi Ono. En 2005, la Monnaie accueille une nouvelle création de Boesmans, Julie. En 2007, Peter de Caluwe succède à Bernard Foccroulle. Ensuite, en 2012, Ludovic Morlot remplace Kazushi Ono.

La Monnaie programme une quinzaine de spectacles par saison, qui accueille aussi bien le grand répertoire que des œuvres contemporaines, qui y occupent une place de choix, allant jusqu’à collaborer avec des personnalités en dehors du monde lyrique, tels que Björk ou Nick Cave. En mars 2015, la Monnaie accueille la première mondiale de Penthesilea de Pascal Dusapin.