Comme François Truffaut, né un an après elle, Nelly Kaplan fait les 400 coups en s'évadant dans les salles de cinéma. En 1969, elle réalise son premier long-métrage, La Fiancée du pirate. Ce titre est le même que le 5ème morceau musical de L'Opéra de quat'sous (comédie musicale allemande créée en 1928 par Bertolt Brecht et Kurt Weill) : Jenny-des-Corsaires ou La Fiancée du pirate (Das Lied der Seeräuber-Jenny) y est chanté par le personnage de Polly.

Le film de Nelly Kaplan contient également Le Chant de Barbara (Barbara-Song) lui aussi interprété par Polly dans L'Opéra de quat'sous. Le protagoniste du film, André le projectionniste de cinéma ambulant, faisait même une référence directe à L'Opéra de quat'sous dans une scène du film finalement coupée au montage.

Ces références ne sont pas anecdotiques, La Fiancée du pirate et L'Opéra de quat'sous partageant plusieurs caractéristiques thématiques, un esprit de liberté et de libération face à une société sombre et duplice. 

Si le reste de la bande-originale de La Fiancée du pirate est composée par Georges Moustaki et si c'est Pierre Perret qui signe la musique de Charles et Lucie (qu'elle réalise en 1979), Nelly Kaplan sollicite des compositeurs et chefs d'orchestre de formation classique pour ses autres longs-métrages.

Papa les p'tits bateaux (sorti en 1971) est mis en musique par André Popp, compositeur et chef d'orchestre notamment connu pour Piccolo, Saxo et Compagnie ou la Petite Histoire d'un grand orchestre (conte musical pédagogique de 1956 dans la veine de Pierre et le Loup).

Même son film érotique Néa (1976) a une bande-son du compositeur Michel Magne, incontournable pour les musiques de film (Les Tontons flingueurs, Fantômas et tant d'autres) mais de formation classique. Enfin, Plaisir d'amour (1991), outre le titre citant la romance mise en musique par Jean-Paul-Égide Martini, est mis en musique par Claude Bolling, formé au Conservatoire de Nice, pianiste classique-jazz, chef d'orchestre et compositeur.